부작용이 없는 치료나 부작용이 없는 약은 이 세상에 없습니다.
사람 몸에 사람이 손을 대면 부작용이란 있게 마련입니다. 여기에 적힌 내용은 반드시 치료 전 담당의사에게 들으셔야하는 내용입니다. 교정치료는 의사와 환자가 치료의 목적과 얻어낼 수 있는 결과, 그리고 그 치료과정 등을 서로 설명하고 이야기하여, 이해하고 동의할 때
비로소 시작하는 것이라고 생각합니다.
다만 다음과 같은 문제점들은 모든 교정환자에 발생하는 것이 아니며 경우에 따라 각각 다른 문제점들이 발생하기 쉬울 수 있습니다. 하지만 어떠한 문제점도 치료 중에 지켜야 할 주의 사항을 잘 지키다면 대부분 예방할 수 있으며 설령 발생한다 하더라도 큰 문제가 되지 않는 경미한 수준에 그칠 수 있습니다.

탈회란 아표면이 하얀색으로 부식되는 것을 의미합니다. 탈회는 당분이나 산도가 높은 음식물을 과도하게 섭취하거나 치아를 닦는 것을 게을리 하면 누구에게나 생길 수 있는 것이지만, 교정장치를 장착한 사람의 경우 치아를 제대로 닦지 않으면 치아표면이 탈회가 될 가능성이 높아집니다. 일단 치아표면이 탈회되면 이것은 다시 회복될 수 없습니다. 탈회의 정도가 심하지 않은 경우 별 문제가 되지는 않으나, 그 정도가 심한 경우 보기가 좋지 않고 충치로 전이될 가능성이 있으므로 별도의 치료(충치치료와 동일함)가 필요합니다.

교정장치를 장착하고 치아를 닦는 것을 게을리 하면 잇몸이 붓고 피가 나기 쉽습니다. 교정치료 중에 잇몸의 염증이 심해지면 이에 대한 적절한 치료를 받아야 하며, 치아를 닦는 것을 철저히 하여야 합니다. 대개의 경우 교정치료 중에 발생한 잇몸의 염증은 교정장치를 제거하고 치아를 제대로 닦으면 별도의 치료를 받지 않고 치유될 수 있으며, 그 후유증도 생기지 않습니다.

사람은 나이가 들수록 잇몸의 퇴축(잇몸이 밑으로 내려가 치근이 노출됨)이 일어납니다. 성인이 되어서 교정치료를 하거나 너무 오랜 기간 동안 교정치료를 하면 치은 퇴축이 보다 빨리 진행될 수 있습니다. 치은 퇴축은 잘못된 칫솔질 방법에 그 원인이 있는 경우가 많으므로 올바른 칫솔질 방법을 배워야 하며 짧은 기간에 교정치료를 끝낼 수 있게 치료에 적극적으로 협조하여야 합니다.

교정치료를 하면 치근(치아의 뿌리)이 뼈 속을 이동하는 동안 흡수되어 짧아질 수 있습니다.
대부분의 경우 교정치료에 의한 흡수의 정도가 경미하여 치아의 수명이나 정상적인 기능을 발휘하는데 영향을 미치지 않습니다. 그러나 갑상선 질환 같은 전신적 질환이나 원인불명으로 치근이 심하게 흡수될 수도 있으며, 때에 따라 교정치료를 중단하고 근관 치료(신경치료)를 하여야 하는 경우도 있을 수 있습니다.

교정치료 중에 턱관절이나 주위근육의 동통, 관절잡음(입을 벌릴 때 딱하는 소리가 남)과 같은 관절장애의 증상이 나타날 수도 있습니다.
턱관절의 장애는 정도의 차이는 있지만 전체인구의 70%이상이 잠재적으로 지니고 있다고 합니다. 교정치료 중에 턱관절 장애의 증상이 나타나면 잘못된 교정치료에 의한 것으로 의심이 되기 쉬우나 학술적인 연구에 의하면 턱관절의 장애는 교정치료와 관련이 없다고 합니다. 일단 턱관절 장애의 증상이 나타나면 이에 대한 별도의 치료를 받아야 하며, 그 증상이 완화될 때까지 교정치료를 잠시 중단하여야 합니다.

교정치료가 끝나고 재발을 방지하기 위하여 일정기간 유지장치를 장착하여야 합니다. 이에 대한 협조가 없으면 재발을 막기 힘들며, 재발의 정도가 심한 경우 별도의 교정치료를 받아야 합니다.
유지기간이 끝난 후에도 교정치료의 결과가 완벽하게 유지될 수는 없습니다.
사람의 얼굴 변화에 대해 장기간 시행된 연구에 따르면 사람의 얼굴은 45세까지도 변하는 것으로 밝혀졌으며 이 변화 과정 중에는 치아의 위치에 영향을 줄 수 있는 턱의 위치, 입술의 변화 등을 포함하고 있습니다. 교정치료 후에도 정상적으로 치아의 위치는 조금씩 변하는데 이는 치아의 위치가 주위의 환경조건에 적응하기 위하여 지속적으로 변화하기 때문입니다. 이러한 변화가 성장기 청소년에서 과도한 성장에 의한 것이라면 재치료가 필요할 정도로 심한 변화를 가져올 수도 있지만 일반적인 경우나 성인의 경우에서는 그 양이 미미합니다. 따라서 교정 치료 후 일정 기간 동안 유지 장치를 착용하여 치아와 그 주위 조직이 건강한 상태를 유지할 수 있다면 그 이후의 변화는 자연스러운 생체의 적응 과정이므로 어느 정도는 그 변화를 허용해 줄 필요가 있습니다.